Libmol.org, nouvelle application de visualisation de molécules, alternative à RasTop

Paul Pillot vient de développer un nouveau logiciel de visualisation de molécules afin d’offrir une alternative moderne, ergonomique et pédagogique au logiciel RasTop.

En effet, il a été relevé que dans de nombreux cas, la complexité de Rastop ne permet pas une prise en main par les élèves qui leur donne la possibilité de mettre en oeuvre une véritable démarche d’investigation (voir par exemple cette thèse : http://www.theses.fr/2012DENS0056 qui conclut à une mise en oeuvre sous la forme d’activités très guidées).

Libmol est un logiciel libre (code source ouvert) et gratuit, accessible à partir de l’adresse http://libmol.org.

En particulier, en exploitant les données des fichiers PDB, le logiciel donne des informations sur tous les éléments de la molécule. Ainsi, un survol d’un atome par la souris donne des indications claires allant jusqu’au nom complet de la protéine concernée.

Une légende précise la signification des couleurs employées. Une aide donne des informations sur les commandes utilisées, afin de comprendre leur effet et leur intérêt dans le cadre de l’étude d’un modèle.
Les commandes disponibles s’adaptent aux actions réalisées : par exemple pas de coloration par structure si la sélection n’est pas affichée en rubans. Ceci permet que les élèves ne réalisent pas de traitements qui n’ont pas d’effets ou d’intérêt.
La sélection de résidus s’effectue via une fenêtre présentant les séquences complètes et associant au survol les résidus et leur localisation dans la structure 3D (silhouette verte sur l’image ci-dessous).

L’objectif de ce développement est de mettre entre les mains des collègues et de leurs élèves un outil permettant une exploration autonome des modèles moléculaires en mettant en oeuvre leurs propres stratégies ("ce que je cherche, comment je le fais »). L’explicitation des actions de l’interface va en ce sens.

Techniquement, le logiciel est une application en ligne, qui représente un téléchargement de 300-400ko selon les navigateurs pour la première utilisation (les suivantes mettant à profit le cache). Une version téléchargeable est prévue, pour une utilisation en local visant les établissements ne disposant pas de connexion internet fiable. Il est utilisable sur tout navigateur récent, quel que soit le système d’exploitation (Edge, Firefox, Chrome ; quelques problèmes avec Safari qui devraient être résolus prochainement).

- Autre nouveauté : créer une surface autour d’une sélection, modifier ses propriétés et télécharger un fichier imprimable en 3D.

- Fiche méthode LIBMOL

Voir en ligne : l’application en ligne

Partager

Imprimer cette page (impression du contenu de la page)